VILLUM FONDEN og VELUX FONDEN har hver sin bestyrelse, hver sin fundats og et fælles sekretariat.
Fondenes fælles sekretariat danner rammen om ledelsen i de to fonde, specialisterne indenfor de forskellige uddelingsområder og stabsfunktionerne.
Sekretariatet ligger i Søborg og har omkring 60 medarbejdere.